@@ -4,4 +4,5 @@ Carpeta que contiene el código para la extracción de conceptos UMLS + CUI
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@@ -4,4 +4,5 @@ Carpeta que contiene el código para la extracción de conceptos UMLS + CUI
- extractor.py --> main. Recibe dos parámetros de entrada: fichero de anotaciones y output para guardar los datos
- extractor.py --> main. Recibe dos parámetros de entrada: fichero de anotaciones y output para guardar los datos
- ConceptExtractor.py --> script que permite extraer los conceptos encontrados por BERT así como: la entidad asociada, su posición de inicio y fin en el texto
- ConceptExtractor.py --> script que permite extraer los conceptos encontrados por BERT así como: la entidad asociada, su posición de inicio y fin en el texto
- jkesExtractor.py --> script que busca si conceptos encontrados se encuentran en JKES o no. En el caso de encontrarlos, devuelve el CUI que tienen.
- jkesExtractor.py --> script que busca si conceptos encontrados se encuentran en JKES o no. En el caso de encontrarlos, devuelve el CUI que tienen.
- umlsExtractor.py --> script que recibe los conceptos no encontrados en JKES y recupera en el metatesauro de UMLS el concepto más similar (usando distancia Levenshtein) y el CUI asociado
- umlsExtractor.py --> script que recibe los conceptos no encontrados en JKES y recupera en el metatesauro de UMLS el concepto más similar (usando distancia Levenshtein) y el CUI asociado.
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- insertUMLSConcepts.py --> script que recibe los conceptos encontrados y los guarda en BBDD.
