removed incorrect file

TFM-main/src/generate_the_excel.py

 import pandas as pd
-import Levenshtein
 import time
-from sklearn.cluster import OPTICS,DBSCAN,AgglomerativeClustering,BisectingKMeans,SpectralClustering
-from sklearn.preprocessing import StandardScaler
 import numpy as np
-from scipy.spatial.distance import pdist, squareform
-from pyclustering.cluster.dbscan import dbscan
-from pyclustering.utils import timedcall
-from Levenshtein import distance
 import re
-from minineedle import needle, smith, core
-from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
-from io import StringIO
-from Bio.Blast import NCBIXML
-from Bio.Seq import Seq
-from Bio.SeqRecord import SeqRecord
-from Bio import SeqIO
-import swalign
 import multiprocessing as mp
 globi=0
 df_b=None
@@ -61,7 +46,7 @@ def substitute_or_remove_prot_id(data,sub_rem):
         #print(pd.concat([did,did2]).drop_duplicates(keep=False))
         print(did)
         datas=pd.concat([datas, did], ignore_index=True)
-        data.to_excel('data_nervous_genes_principalpurge.xlsx',index=False,columns=data.columns) 
+        data.to_excel('data_principalpurge.xlsx',index=False,columns=data.columns) 
         datas.to_csv('resultados/proteinasDescartadassp_'+ str(globi) +'.csv', index=False) 
     elif(sub_rem == "c"):
         datas= data[data["protein_id"].isin(list(listtosubs.values())[(resub+1)%2])==True]
@@ -86,7 +71,7 @@ def substitute_or_remove_prot_id(data,sub_rem):
         print("Despues de tirar duplicados en id: "+str(len(dats)))
         dats=dats.drop_duplicates(subset=['disease_id','protein_sequence'],keep='first',inplace=False)
         print("Despues de tirar duplicados en secuencia: "+str(len(dats)))
-        dats.to_excel('data_nervous_genes_x.xlsx',index=False,columns=data.columns)  
+        dats.to_excel('data_x.xlsx',index=False,columns=data.columns)  
         datas.to_csv('resultados/proteinasDescartadas_'+ str(globi) +'.csv', index=False) 
         #pd_diff=pd.concat([data,dats]).drop_duplicates(keep=False)
         #pd_diff.to_excel('data_not_valid.xlsx')
@@ -98,12 +83,14 @@ def substitute_or_remove_prot_id(data,sub_rem):
 
 def divide_by_class(data):
     print("inside the problem")
-    cl=pd.read_excel("alzheimer_protein_class 1.xlsx")
+    cl=pd.read_excel("lung_cancer_protein_class.xlsx")
     cl=substitute_or_remove_prot_id(cl,"c")
-    cl.to_excel("alzheimer_protein_class 2.xlsx")
+    cl.to_excel("lung_cancer_protein_class_2.xlsx")
     #data2=data.copy()
     cli=cl.groupby('class_id')
     di=[]
+    dd=data[~(data['protein_id'].isin(cl['protein_id']))]
+    dd.to_excel("proteinas_sin_clase.xlsx")
     for k,v in cli:
      
       for index,row in v.iterrows():
@@ -116,10 +103,44 @@ def divide_by_class(data):
     
     return data
 
-def readData(archivoEntrada, enfermedad):
-    data = pd.read_excel(archivoEntrada)
+def readData(archivoEntrada, enfermedad,archivoDescarte=None):
+    data = pd.read_csv(archivoEntrada)
+    dataor=data.copy()
+    #data.to_excel('data_nervous_genes_2.xlsx')
+    data=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
+    #data.to_excel("data_nervous_genes_x.xlsx")
+    if (enfermedad != ''):
+        #datar=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
+        #sprint("numero de filas de proteinas descartadas totales principal : "+ str(len(data)-len(datar)))
+        
+        
+        #data = data.loc[data["disease_id"] == enfermedad]
+        if(archivoDescarte != None):
+          dataB = pd.read_excel(archivoDescarte)
+                  
         
+          print(len(data))
+        #data=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
+          dataB=substitute_or_remove_prot_id(dataB,"r")  
+        #dataB.to_excel("data_nervous_genes_xf2.xlsx")
         #data.to_excel('data_nervous_genes_2.xlsx')
+          filt_data=len(data)
+          alz_filt_data=len(dataB)
+          print("proteinas descartadas post filtro, principal: " + str(filt_data-len(data)))      
+          print("proteinas descartadas post filtro, comun alz: " + str(alz_filt_data-len(dataB)))
+          print("tamaño del descarte: "+ str(data[data["protein_id"].isin(dataB["protein_id"])].shape[0]))
+          datad=data[(data['protein_id'].isin(dataB['protein_id']))]
+          datad.to_excel("drop_data.xlsx")
+          data.drop(data[data["protein_id"].isin(dataB["protein_id"])].index,inplace = True)
+          data.to_excel(archivoEntrada+"_PostDrop.xlsx")
+                          
+    #data=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
+    sequences = data["protein_sequence"]
+
+    return sequences
+def readOData(archivoEntrada, enfermedad):
+    data = pd.read_excel(archivoEntrada)
+    #data=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
     
     if (enfermedad != ''):
         #datar=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
@@ -131,7 +152,7 @@ def readData(archivoEntrada, enfermedad):
         #dataB = pd.read_excel("proteinas_en_comun_Alzheimer.xlsx")
                   
         
-        print(len(data))
+        
         #data=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
         #dataB=substitute_or_remove_prot_id(dataB,"r")  
         #dataB.to_excel("proteinas_en_comun_Alzeheimer2.xlsx")
@@ -143,11 +164,12 @@ def readData(archivoEntrada, enfermedad):
         #data = data[~((data["disease_id"] == enfermedad) &
         #              (data["protein_id"].isin(dataB["protein_id"])) &
         #              (data["gene_id"].isin(dataB["gene_id"])))]
-    data=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
+
     sequences = data["protein_sequence"]
 
     return sequences
-def readOData(archivoEntrada, enfermedad):
+
+def readDataClassDiv(archivoEntrada, enfermedad):
     data = pd.read_excel(archivoEntrada)
     #data=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
     
@@ -174,14 +196,21 @@ def readOData(archivoEntrada, enfermedad):
         #              (data["protein_id"].isin(dataB["protein_id"])) &
         #              (data["gene_id"].isin(dataB["gene_id"])))]
 
+    data=divide_by_class(data)
     sequences = data["protein_sequence"]
 
     return sequences
-
-def readCData(archivoEntrada, enfermedad):
+def restructure_class(data,ArchivoSalida):
+    data=data.groupby(['protein_id','protein_sequence','disease_id']).agg(list)
+    print(data)
+    #data.drop_duplicates(subset=['protein_id','protein_sequence'],keep='first',inplace=True)
+    data.to_excel(ArchivoSalida)
+    return data
+def readDataRestructure(archivoEntrada, enfermedad,archivoSalida):
     data = pd.read_excel(archivoEntrada)
-    #data=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
-    
+    print(len(data["protein_id"].unique()))
+    data=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
+    print(len(data["protein_id"].unique()))
     if (enfermedad != ''):
         #datar=substitute_or_remove_prot_id(data,"r")
         #sprint("numero de filas de proteinas descartadas totales principal : "+ str(len(data)-len(datar)))
@@ -205,16 +234,15 @@ def readCData(archivoEntrada, enfermedad):
         #              (data["protein_id"].isin(dataB["protein_id"])) &
         #              (data["gene_id"].isin(dataB["gene_id"])))]
 
-    data=divide_by_class(data)
+    data=restructure_class(data,archivoSalida)
     sequences = data["protein_sequence"]
 
     return sequences
 
-
 if __name__=='__main__':
-      #data=readData('data_nervous_genes_1.xlsx','C0002395')
-      data2 = readCData('data_nervous_genes_xf.xlsx','C0002395')
-      data2=data2.to_list()
+      #data=readData('protein_lung_cancer_C0007131.csv',,'C0007131',)
+      data2 = readDataRestructure('treatment_lung_cancer.xlsx','C0007131','data_lung_cancer_treatment.xlsx')
+      #data2=data2.to_list()
       datl=data.to_list() 
       #print(len(datl))
       du=[]
@@ -228,9 +256,9 @@ if __name__=='__main__':
             #print(str(u)+" Este no deberia estar: "+str(datl[u]))         
       with open("nombres_sust.txt") as prottosubs:
           index=prottosubs.readline()
-          acept=index.split()
+          accept=index.split()
           listtosubs={}
-          for i in range(0,len(acept)):
+          for i in range(0,len(accept)):
             listtosubs[acept[i]]=[]
           while line := prottosubs.readline():
               newline=line.split()