Carpeta que contiene el código para la extracción de conceptos UMLS + CUI
- Config.ini --> archivo de configuración para la conexión a BBDD
- extractor.py --> main. Recibe dos parámetros de entrada: fichero de anotaciones y output para guardar los datos
- ConceptExtractor.py --> script que permite extraer los conceptos encontrados por BERT así como: la entidad asociada, su posición de inicio y fin en el texto
- jkesExtractor.py --> script que busca si conceptos encontrados se encuentran en JKES o no. En el caso de encontrarlos, devuelve el CUI que tienen.
- umlsExtractor.py --> script que recibe los conceptos no encontrados en JKES y recupera en el metatesauro de UMLS el concepto más similar (usando distancia Levenshtein) y el CUI asociado
