Función principal de la extracción de conceptos + CUI

UMLS_Extractor/extractor.py

+# -*- coding: utf-8 -*
+"""
+Created on Thu Jan 28 09:38:20 2021
+"""
+import jkesExtractor
+import sys, os, json
+
+#Función que dado un path, un listado de datos y el modo de apertura del archivo,
+#escribe los datos en el archivo correspondiente
+def write(pathOutput,dataList,mode):
+
+	#Output in the second route 
+        if os.path.exists(pathOutput):          
+            with open(pathOutput, mode) as outputfile:
+                for i in range(0,len(dataList)):
+                    strOutput = ""
+                    for j in range(0,len(dataList[i])):
+                        strOutput += str(dataList[i][j])+"\t"
+                    outputfile.write(strOutput.strip()+"\n")
+
+            print("Completed")
+            
+        else:
+            print("Output file doesn't exist")
+
+
+#Funcion principal: recibe el path del archivo de anotaciones y del archivo de salida
+def main():
+    #First arg is the route of .json BIO
+
+    inputRoute = sys.argv[1]
+    outputRoute = sys.argv[2]
+    if os.path.exists(inputRoute):
+        
+        #Extraction of CUIS
+        print("Checking JKES CUIS")
+        listConceptsJkes, listConceptsUmls = jkesExtractor.jkes_concept_extractor(inputRoute)
+        write(outputRoute,listConceptsJkes,"w")
+        write(outputRoute,listConceptsUmls,"a")
+        
+    else:
+        print("Input file doesn't exist")
+       
+
+if __name__ == "__main__":
+    main()
+